Đối với phụ nữ, bệnh chlamydia không được điều trị có thể dẫn đến các vấn đề sức khỏe sinh sản nghiêm trọng, bao gồm vô sinh (tức là khó hoặc không có khả năng mang thai). Bệnh viêm vùng chậu (PID) là hậu quả phổ biến của tình trạng nhiễm chlamydia không được điều trị ở phụ nữ. Trong PID, vi khuẩn di chuyển từ âm đạo lên qua cổ tử cung và vào tử cung, ống dẫn trứng và buồng trứng. Tắc nghẽn và sẹo có thể làm hỏng ống dẫn trứng, khiến phụ nữ mang thai có nhiều khả năng mang thai ngoài tử cung (“ống dẫn trứng”). Nếu không được điều trị, PID có thể gây vô sinh và đau vùng chậu mãn tính.
Bệnh chlamydia có thể dẫn đến PID ở phụ nữ ngay cả khi không có triệu chứng.
Bệnh chlamydia không được điều trị cũng có thể gây ra khí hư âm đạo, nhiễm trùng đường tiết niệu và sảy thai. Phụ nữ bị bệnh chlamydia trong thời kỳ mang thai có thể lây truyền cho con trong khi sinh, có thể gây nhiễm trùng mắt hoặc viêm phổi ở trẻ sơ sinh.
Nam giới bị bệnh chlamydia không được điều trị đôi khi có thể bị viêm mào tinh hoàn, một bệnh nhiễm trùng đau đớn ở tinh hoàn. Nhiễm trùng chlamydia không được điều trị cũng có thể gây viêm tuyến tiền liệt và sẹo niệu đạo, đôi khi dẫn đến vô sinh
Nếu bạn đang sống chung với HIV và không dùng thuốc kháng vi-rút, nhiễm chlamydia có thể dẫn đến lượng vi-rút HIV tập trung cao trong mô sinh dục của bạn khiến lượng HIV thải ra trong tinh dịch hoặc dịch tiết âm đạo của bạn cao hơn 8–10 lần. Nếu bạn âm tính với HIV và bị chlamydia, các tế bào miễn dịch của bạn đặc biệt dễ bị nhiễm HIV, nếu bạn tình của bạn mang vi-rút. Nhiễm chlamydia trực tràng có thể làm tăng nguy cơ mắc HIV của bạn từ 10 đến 20 lần. Tuy nhiên, dùng thuốc để ngăn ngừa HIV (PrEP) có thể làm giảm đáng kể nguy cơ mắc HIV, ngay cả khi có bệnh lây truyền qua đường tình dục.