Para sa mga kababaihan, ang hindi ginagamot na chlamydia ay maaaring humantong sa malubhang problema sa kalusugan ng reproduktibo, kabilang ang kawalan ng katabaan (ibig sabihin, kahirapan o kawalan ng kakayahan na mabuntis). Ang pelvic inflammatory disease (PID) ay isang karaniwang resulta ng hindi ginagamot na impeksyon sa chlamydia sa mga kababaihan. Sa PID, ang bacteria ay gumagalaw mula sa puwerta pataas sa pamamagitan ng cervix at papunta sa matris, fallopian tubes at ovaries. Ang pagbabara at pagkakapilat ay maaaring makapinsala sa mga tubo, na nagiging sanhi ng mga babaeng nagdadalang-tao na mas malamang na magkaroon ng ectopic (“tubal”) na pagbubuntis. Kung hindi ginagamot, ang PID ay maaaring magdulot ng pagkabaog at talamak na pananakit ng pelvic.
Ang Chlamydia ay maaaring humantong sa PID sa mga kababaihan kahit na walang mga sintomas.
Ang hindi ginagamot na chlamydia ay maaari ding maging sanhi ng paglabas ng vaginal, impeksyon sa ihi, at pagkakuha. Ang mga babaeng may chlamydia sa panahon ng pagbubuntis ay maaaring maipasa ito sa kanilang sanggol sa panahon ng panganganak, na maaaring magdulot ng impeksyon sa mata o pulmonya sa bagong panganak.
Ang mga lalaking may hindi ginagamot na chlamydia ay maaaring paminsan-minsan ay magkaroon ng epididymitis, isang masakit na impeksyon sa mga testicle. Ang mga impeksyon sa chlamydia na hindi ginagamot ay maaari ding maging sanhi ng pamamaga ng prostate at urethral scarring, na kung minsan ay humahantong sa pagkabaog.
Kung ikaw ay nabubuhay na may HIV at hindi umiinom ng mga gamot na antiretroviral, ang impeksiyon ng chlamydia ay maaaring humantong sa mataas na dami ng HIV virus sa iyong genital tissue na nagdudulot ng 8–10 beses na mas maraming HIV na mabuhos sa iyong semilya o mga pagtatago ng vaginal. Kung ikaw ay negatibo sa HIV at may chlamydia, ang iyong mga immune cell ay lalong madaling kapitan ng HIV, kung ang iyong partner ay nagdadala ng virus. Ang rectal chlamydia ay maaaring tumaas ang iyong pagkakataong magkaroon ng HIV ng 10 hanggang 20 beses. Gayunpaman, ang pag-inom ng gamot para maiwasan ang HIV (Prep) ay maaaring makabuluhang bawasan ang panganib na magkaroon ng HIV, kahit na mayroong STI.