Mặc dù bản thân mụn cóc hậu môn không có khả năng phát triển thành ung thư hậu môn, nhưng những người đã từng bị mụn cóc hậu môn có nhiều khả năng bị ung thư hậu môn hơn. Điều này là do những người bị nhiễm các phân nhóm HPV gây ra mụn cóc hậu môn và sinh dục cũng có nhiều khả năng bị nhiễm các phân nhóm HPV gây ra ung thư hậu môn hơn.
Nhiễm trùng HPV là phổ biến và trong hầu hết các trường hợp, cơ thể có thể tự loại bỏ nhiễm trùng, nhưng ở một số người, nhiễm trùng không biến mất và trở thành mãn tính. Nhiễm trùng mãn tính, đặc biệt là với các loại HPV có nguy cơ cao, có thể gây ra một số loại ung thư theo thời gian, bao gồm cả ung thư hậu môn.